Også dyrelivet er præget af omgivelserne og kanalen. Mange af dyrearterne er de samme som i nærliggende haver, parker, åbne arealer mm. Egern er der mange af og man ser ofte ræve.
Lavvandede områder omkring militæranlæggene er foretrukne ynglelokaliteter for forskellige paddearter, bl.a. butsnudet frø, stor vandsalamander og skrubtudse. Der er observeret grønne frøer i den sydligste del af kanalen. De kræver dog lavvandede solopvarmede vandområder for at yngle, hvilket kun findes nær Vestvolden på Avedøre Holme.
Afhængigt af vandkvaliteten findes gode fiskebestande af ål, gedde, aborre, karusser, skaller og hundestejler. Der lever mange insekter og andre smådyr i voldgraven bl.a. flere slags guldsmede. Desuden ses masser af flodkrebs og forskellige ande- og vadefugle.
Den fugl man især lægger mærke til er husskaden, der er dog også skovskader. Alliker og skovduer er der mange af. Gråand og blishøne yngler ved kaponiererne. Taffeland, troldand, grønbenet rørhøne og knopsvane yngler undertiden, men ses især rastende. Stor flagspætte ruger, og der er observeret fiskehejre, spurvehøg og tårnfalk. Desuden er der et stort antal småfugle.